二级生物安全实验室必须配备的设备是生物安全柜、高压蒸汽灭菌器。
生物安全柜，应选择二级生物安全柜；生物安全柜应选择Ⅱ级A1或Ⅱ级B1两种生物安全柜,即室内循环和30％外排型。生物安全柜应安装在BSL-2实验室内气流活动小，职员走动少，离门和空调送风口较远的地方。生物安全柜的四周应有一定的空间，与墙壁至少保持30cm的间隔，以便清洁。
高压蒸汽灭菌器：在实验室所在的建筑内应配备高压蒸汽灭菌器，并定期检查和验证，以确保符合要求。应选择立式或台式排气和排水口装有HEPA滤器的高压灭菌器。
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